Занятия в школе продолжались и во время Великой Отечественной войны. Бумаги не хватало, писали на газетах, между строк, не всегда было чем обогревать школу в зимнее время, но и в эти трудные годы учителя, директора школы обучали детей.
Выпускники школы крестьянской молодежи (ныне Багаевская СОШ №2) 1945 года сражались на фронте, трудились в тылу
Во время Великой Отечественной войны многие учителя и ученики школы отдали свои жизни за Победу — об этом говорит памятная доска Герою войны, первому гвардейскому знаменосцу Виктору Ивановичу Сороковых. Выпускники школы: Сороковых Георгий, Николай, Ольга, Eкатерина, Иваненко А.Ф., Филатова З.Я. после войны стали учителями и вернулись в родную школу.
